显微镜在主要操作有：调焦，视度调节，瞳距调节和灯泡更换几个步骤。
调焦：将工作台板放入底座上的台板安装孔内。显微镜观察透明标本时，选用毛玻璃台板;观察不透明标本时，选用黑白台板。然后松开调焦滑座上的紧固螺钉，调节显微镜的高度，使其与所选用的物镜放大倍数大体一致的工作距离。调好后，须锁紧紧固螺钉。调焦时，建议选用平面物体，如印有字符的平整纸张、直尺、三角板等。
视度调节：先将显微镜左右目镜筒上的视度圈均调至0刻线位置。通常情况下，先从右目镜筒中观察。将变倍手轮转至较低倍位置，转动调焦手轮和视度调节圈对标本进行调节，直至标本的图像清晰后，再把变倍手轮转至较高倍位置继续进行调节直到标本的图像清晰为止，此时，用左目镜筒观察，如不清晰则沿轴向调节左目镜筒上的视度圈，直到标本的图像清晰为止。
瞳距调节：扳动显微镜目镜筒，可以改变两目镜筒的出瞳距离。当使用者观察视场中的两个圆形视场重合时，说明瞳距已调节好。应该注意的是由于个体的视力及眼睛的调节差异，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同时间使用同一台显微镜时，应分别进行齐焦调整，以便获得较佳的观察效果。
灯泡更换：无论是更换上光源灯泡，还是更换下光源灯泡，在更换前，请务必将电源开关关上，电源线插头一定要从电源插座上拔下。当更换显微镜光源灯泡时，先拧出上光源灯箱的滚花螺钉，取下灯箱，然后从灯座上卸下坏灯泡，换上好灯泡，再把灯箱和滚花螺钉装上即可。当更换下显微镜光源灯泡时，需将毛玻璃台板或黑白台板，从底座上取出，然后从灯座上取下坏灯泡，换上好灯泡;再把毛玻璃台板或黑白台板装好即可。显微镜更换灯泡时，请用干净的软布或棉纱将灯泡玻壳擦拭干净，以保证照明效果。
由于很多时候是因为我们在使用的时候没有注意，将显微镜放在潮湿的地方，有灰尘的时候又直接用手抹或者用布擦，在进行操作的时候喜欢用一只手拿镜，从而导致了悲剧的事情发生，那用户又该如何避免这样的事情发生呢？
1、显微镜是G端仪器，对环境有一定要求，放置的地方一定要有光，防潮，灰尘少，潮湿的环境容易导致显微镜的损坏，影响功能，所以平时不用的时候要盖上防尘布，以免进入灰尘。
2、进行操作时，要保持右手握臂、左手托座的持镜姿势，千万不能一只手拿镜，避免有的零件脱落或者碰撞到其它地方，对显微镜造成损坏。
3、在调节物镜和其他装置的时候，要尽量小心，动作轻柔。因为它很多地方都用到调节，所以更要注意，调节不好容易损坏被观察物体，也容易损坏仪器。更换物镜和薄片时，要注意不要用力扳取。
4、使用者要注意保持显微镜的清洁，其中光学和照明部分要求比较严格，做清洁时只能用擦镜纸擦拭，擦镜头要用专业的擦镜头的纸擦，切动作不能过大。特别是杜绝用口吹、用手抹或者用布擦。不能让酸性，碱性等试剂流入载物台或者是镜头上，如果出现这种情况，应该及时擦干。
5、很大一部分人有单眼观察的习惯，这种习惯在显微镜的使用当中很不方便，应该保持两眼同时睁开进行观察，因为在左眼观察视野的同时，右眼还要用来绘图。
6、使用过程中要坚持轻拿轻放的原则，注意不要随手把显微镜放在实验台面的边缘，防止一不小心碰翻落地。
7、在放置玻片标本时，要对准通光孔的，切记不能反放，以免压坏玻片或是碰坏物镜。另外操作者对仪器不要随意拆卸，以免损坏和影响使用效果。
8、使用完显微镜，要按照规定步骤进行复原，要检查是否关好电源，然后放回镜箱不要马上盖防尘布，要等到冷却后在盖上。还要将物镜调节到较低状态，平时要多检查是否有螺丝松动。
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