对于颗粒包装机等包装机械来说，定期对其进行消毒杀菌是很有必要的，这对于后期设备使用中的安全性以及卫生要求是很大的保证。
1工作中要求水、电、蒸汽、压缩空气的供应必须*可靠
食品所经过的系统必须保证无菌，食品灌装进入包装容器时所经过的空间环境要保证无菌。
2操作环境除菌是防止细菌和其它污物进入操作环境
除菌主要采用过滤和除尘方法实现，一般无菌操作空间的空气需经消毒、二级过滤和加热消毒产生无菌过压空气，其过压状态保证避免环境有菌空气渗入无菌工作区。包装机械的灭菌常用环氧乙烷处理，由于环氧乙烷气体对乙烯基塑料有渗透作用，而包装机中许多与食品接触的部件往往是由乙烯基塑料制成，因此，当用环氧乙烷灭菌时，应采取升温和减压的方法加速其挥发逸出。
3保证包装封口无菌
包装封口对无菌包装来说是后的环节，也是关键的一个环节，直接影响产品的包装品质和储存期。其要求是一方面是能防止微生物和气体或水蒸气侵入，另一方面是不能让产品自身的气味和原液溢出。多数无菌包装封口采用热封、超声波封、胶封或气封，有些用折叠、咬合封口。
4输送过程中
要保持接管处、阀门、热交换器、均质机、泵等的密封性和系统内部保持正压状态，以保证外部空气不进入。同时要求输送线路尽可能简单，以利于清洗。无菌包装系统设备灭菌处理一般采用CIP原位清洗系统实施，可根据产品类型可按灭菌要求设定清洗程序。要在无菌操作环境中设立检测装置以监控环境中微生物数量，保证包装产品的无菌。
5大型设备
无菌包装一般都要用大型设备，尤其是食品灭菌机和无菌包装机，设备投资大，成本较高；操作和管理的卫生要求严格，难度大，一旦污染将会成批报废，造成浪费，损失很大，而且从头到尾的各个环节必须重新灭菌；设备和产品的专一性强，不适宜生产小批量多品种的产品，泛用性差；无菌包装难以应用在高粘度食品以及固体食品上，一般只用于流动性较好的食品。
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