微波杀菌的机理是利用微波交变的电磁场使物料当中的极性分子（如水分子）来回振动，相互摩擦而生成热量。
1微波杀菌的原理
食品微波杀菌设备适用于食品领域的各种物料的杀菌。如：牛肉干、调味品、添加剂、肉制品、鱼制品、海产品、*、黄粉虫、果片类、豆类、蔬菜类、菌菇类、面粉、淀粉、米面制品、豆制品、酱菜、卤制品、饲料、营养保健品等物料。
微波杀菌的机理是利用微波交变的电磁场使物料当中的极性分子（如水分子）来回振动，相互摩擦而生成热量。因工业应用的微波频率一般为2450兆赫，所以物料中极性分子升温的速度非常快。另外，由于微波中的强电场对细胞的生命活动有*的破坏作用，微波在对细菌分子进行作用时，会破坏细菌的细胞壁，从而达到杀死细菌的作用。所以在食品行业，微波又有很好的杀菌效果。
2微波杀菌的特点：
1微波加热的速度极快，能在短时间内使物料干燥。
2微波在干燥同时完成了杀菌过程。
3微波可实现低温干燥的要求，通过适当控制功率可大限度保持食品的颜色和口味。
4微波能杀灭酶的活性，所以在干燥的过程中能大限度的保留食品的营养成分。
微波杀菌是微波加热技术功能的延伸，表现为微波与生物体及其组成的基本单元——细胞之间相互作用后，生物体的细胞生理活动变化和反应，与巴氏加热杀菌法比较，微波杀菌有以下显著特点：
A、微波杀菌是一种物理杀菌方法，它不需要添加化学防腐剂就能够杀灭细菌、霉菌和虫卵，以及病毒等有害人体的微生物，它在杀灭有害微生物过程中，不会对食品残留毒性或放射性物质的污染，安全无害。也不会改变食品的色香味和营养成分。
B、在同样杀菌温度下，所需杀菌时间短，不需要预热。如大肠杆菌杀灭时间约30S。在相同杀菌条件下，菌致死的温度比较低，且杀菌效果极为显著。
C、能同时对被杀菌物料表里实施整体杀菌，极大地缩短杀菌周期，并保证杀菌一致性。
D、由于物料各部位杀菌的同时性，杀菌时间短，能避免因长时间的加热影响食品品质，特别是对不宜在较高温度或较长加热时间情况下进行杀菌的食品。例如：易挥发香辛成分的姜粉、含水分较多的鲜嫩海蛰等。对于既要保持色泽、香味和口感不变等质量要求又需杀菌的物料，使用微波杀菌可取得佳效果。
E、微波杀菌可分为包装后杀菌和包装前杀菌。包装容器不能用金属质地的，需用介质材料，一般用塑料软包装或玻璃，工程塑料质地容器为宜。为防止在微波杀菌过程中涨袋，设备可在工作仓内施加压力采用反压杀菌工艺，可防止涨袋损失。
微波设备可对已包装、未包装的不同物品进行灭菌加工处理可用于：
粮食制品类：面包、月饼、面条、豆腐、豆腐干等。
蔬菜类：泡菜、竹笋、香菇类等。
水果类：荔枝、龙眼等。
奶制品、调味品、香精香料、方便面汤料、火锅调料及各种液体等均可杀菌加工。
现微波加热杀菌技术已扩展到制造工业生产用的工业微波加热设备，以满足诸如食品加工行业的食品烹调与加工，杀菌保鲜需要。
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