微波杀虫灭菌是使食品中的微生物，同时受到微波热效应与非热效应的共同作用，使其体内蛋白质和生理活动物质发生变异，而导致微生物体生长发育延缓和死亡，达到食品灭菌、保鲜的目的。
1物理灭菌法
热力灭菌法
1、干热灭菌法： 是利用火焰或干热空气进行灭菌，大多用于用具及器皿等。
2、湿热灭菌法：
（1）热压灭菌法：用饱和水蒸汽排尽空气后，在一定温度和压力下进行灭菌。水蒸汽压力与温度对应如下： 20.594（kpa）-105.7℃，34.3233-108.8℃，41.1879-110.3℃，68.6466-115.5℃，75.1121-116.8℃，96.1052-120.2℃……
（2）流通蒸汽灭菌法和煮沸灭菌法：100℃，适用于不耐高温的药剂。
（3）低温间歇灭菌法：80℃加热1小时，20～25℃下放置24小时，连续操作三次以上，适用于不耐热药剂，灭菌效果差，须加防腐剂。
过滤灭菌法
1、垂熔玻璃滤器：国际标准为P250～P2，滤过粒子由大到小。P2可滤除大肠杆菌及葡萄球菌。
2、微孔滤膜：我国为醋酸纤维素酯滤膜，或醋酸纤维素酯的混合纤维素酯滤膜。特性：耐120℃30分钟灭菌;无脱屑;不耐碱;不耐有机溶剂;易燃。孔径 5.086m用于注射液初滤，0.886m用于精滤，0.4586m可滤去大多数细菌，0.1586m可滤去热原。
紫外线灭菌法
波长200～300nm，易穿透洁净的水和空气，用于空气和物体表面灭菌。紫外线灯有效使用期一般为3000小时。 紫外线照射时间对微生物杀灭率见表： 照射时间 （小时） 杀 灭 率 （%） 伤寒杆菌 大肠杆菌 金色葡萄球菌 酵 母 菌 0.5 33 33.5 30.6 19.9 1.0 42 43 41 35.6 1.5 65 58 59 43.8 2.0 86 80 82 69.5 2.5 100 95.5 96.3 80 3.0 100 100 90.6 4.0 99 5.0 100
微波灭菌法
为300～3000兆赫的电磁波。水可强烈吸收微波，使极性分子转动摩擦而产热。能穿透物质较深部，灭菌效果好。有望用于注射液的灭菌。
辐射灭菌法
又称电离辐射，是用8082射线或85-射线照射杀菌。前者由钴-60或铯-137发出，穿透力强;后者由电子加速器产生，带电荷，穿透力弱，灭菌效果差。对于辐射，无芽胞菌比有芽胞菌敏感得多;无芽胞菌中革兰氏阴性菌比阳性菌敏感;而病毒敏感性很差。此外，辐射能引起一些药物pH值、含量、活性等改变，某些制品不宜选用。
2化学灭菌法
一般以喷洒（雾）、蒸发等方法进行灭菌。
环氧乙烷
无色醚样臭味气体，沸点10.8℃，沸点以下为无色透明液体，比重0.882，溶于水。扩散穿透能力强，属广谱杀菌剂。用于对热敏感的药物、塑料、橡胶、皮革制品、皮料、纸张以及小型玻璃器皿等的灭菌。
过氧乙酸
无色透明液体，有刺激性醋酸臭和味，易挥发，有腐蚀性。易溶于水、醋酸。可缓慢分解，急剧分解时会爆炸。但40%以下的溶液则不会。本品广谱、、*，毒性低，0.5%溶液用于空气（喷雾30ml/m3）、器械和皮肤消毒，临用前配制。
其它
1、*（石炭酸）：3～5%地面、墙壁喷撒。
2、*（来苏尔）：5～100%地面、墙壁喷撒。
3、*（福尔马林）：20ml/m3加热蒸发,6～12小时。
4、乳酸：1ml/m3加热蒸发0.5～1小时。
5、*：1/1000～1/2000溶液喷撒地面、墙壁。
6、丙二醇：1ml/m3加热蒸发。
3空气洁净技术
可保证产品纯度，提高成品率。
洁净室一般标准
如下表：
生产区分类 洁净级别（级） ≥0.586m粒子（个/升） 菌落数 分类举例
一般生产区 无洁净度要求的生产、辅助车间
控制区 >100,000或 300,000 <35,000 片剂、胶囊等：粉碎、配料……、分装、包衣 原料药精、烘、包，粉针扎盖等 100,000 ≤3.500 ≤10 瓶子精洗，过滤膜装配、称量、浓配等
洁净区 10,000 ≤350 ≤3 无菌原料药结晶、干燥，粉针原料过筛、混粉，稀配、滤过、直接接触药品的包装材料终处理岗位 全部或局部100 ≤3.5 ≤1 大输液、针剂灌封、分装、加塞;菌种接种台
洁净室管理
洁净室是提高和保证产口质量的重要设施，必须有严格的管理和卫生要求。
1、必须使工作人员对洁净室的重要性和整个安装系统有广泛了解;
2、应制定洁净室管理、使用、灭菌制度;
3、妇女不可用粉、头发喷雾剂、指甲油之类的化妆品，以减少污染源;
4、操作人员应尽可能减少讲话和室内活动;
5、工作服应选用不易产生静电、不易脱落纤维的涤纶和尼龙织物;
6、定期清洗与灭菌。室内保持清洁整齐，定期清洁四壁和设备，保证无尘埃等。
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